在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

论述成果

1、从光敏教育培养神经细胞中提炼DNA化学交联球胆固醇

为了能溶合光化学热塑蛋清质-DNA复合材料物用到LC-MS定性分享，诗人开发设计没事种变形纯化方案设计，可从DNA中去否则化学热塑蛋清质，仅在的照射时开展直接性基因遗传组碰到含有DNA化学热塑蛋清质。用TRIZOL添加染色法质并出掉落网获的非化学热塑蛋清，进而将其重熔化分解以开展RNase消化酶吸收。开展多普勒彩超、剪切偶然所得蛋清质化学热塑DNA的添加物，在硫氰酸胍中烧沸变形，并在二空气氧化硅抽滤柱上猛烈洗衣以去否则化学热塑蛋清质一直到做完。开展核酸酶操作从DNA中移除光化学热塑蛋清，并开展胰蛋清酶消化酶吸收用到LC-MS定性分享。该手段命名为为蛋清质化学热塑DNA添加或XDNAX。

图1.核蛋白质含量交连DNA领取或XDNAX流程表图（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可会相处DNA的蛋白酶质图谱

将光交连办法app于MCF7组建受损细胞，发现了1,805种得票数核血清，在当中1,191种普遍存在于3个或大多次多次中。60%的DNA相互之间用组中有核酸搭配起来的GO参考文献标注，在存在核酸搭配起来参考文献标注的核血清质中，非常大的分享发源核纤层核血清，之后是进入染料质组建和组建受损细胞分化的核血清质（图2）。

图2 . 可之间玩 DNA 的血清质（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3总结出了DNA互不角色组所蕴涵的血清质-DNA游戏界面下列关于含盖的核苷酸热塑肽。这属于主要是因为（1）球状DNA结合起来起来实际组成域、（2）DNA 结合起来起来实际混乱区（IDR）和（3）主要是因为与各种血清质（假如组血清结合起来起来实际血清）、RNA（假如剪接分子）或相脱离区室（假如核仁血清）互不角色而引致的环镜介于。

图3 . 可单独打交道 DNA的空间结构域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、一定量体细胞扰动过程中与DNA搭配的转录指数

雌刺的生长激素多巴胺受体α（ESR1）驻在胞质溶胶中，直至遇见其配体，引发易位到上皮生殖生殖细胞质，在那边它与表观遗传组中的既定空间区域构建以激活卡既定的转录过程。将血清饥饿的MCF7上皮生殖生殖细胞裸漏于高用药量雌刺的生长激素（10 nM 17β-雌二醇）4分之五钟，与模似进行处理的对应上皮生殖生殖细胞比效因此的DNA互不效果组（图4A）。这其中，雌刺的生长激素兴奋后DNA互不效果组中的ESR1增添了30倍（图4B）。总的的说，在1,814个定量分析的核蛋白酶质-DNA互不效果中，约有9%表现出多于2倍的不错改变，并关察到与ESR1都具有互不效果的核蛋白酶如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌刺激素治理乳腺纤维癌受损细胞 DNA 互为效用组的参考值较为（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

个人心得体会

探讨進入dna组的血清质以详细了解它是怎么被显示并付诸应用的，一直以来是科技创新职工一位持续的追求理想。dna组可及性核心以DNA为基地的多角度参与探讨，同时，到迄今说不定说不定，刺绣质凝露中的有哪些血清质与DNA 产生物理化学彼此之间效应尚不看不清楚。运用零高度光交连，可发现了DNA彼此之间效应组中的几乎数血清质，XDNAX技术应用将有所作为血清质-DNA彼此之间效应探讨的强硬生产工具。

拜谱个人总结

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的血清质组学、绘制组学、排泄组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

参考价值专著：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.