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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已屏幕上显示出广的生物技术渗透性，有抗癌症和抗病性毒能力。大多数，三萜是根据甲羟戊酸有效途径分解的，并从当然草本花卉和细菌中生成。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上发表过了题写“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的理论研究探讨论文范文。该理论研究探讨察觉到三萜类化学物质虫草粉酸（GA）是根据固态锻炼的无柄虫草粉菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的微生物体转化成行成的。依据转录组和血清质组学的技木进1步挑战无柄虫草粉菌丝体中DHT行成不同虫草粉酸（GA）的逻辑，并结合几组学的技木探测到的差距dna和差距血清，推断DHT 微生物体转化成 GA 的经过。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录成分析和能力定义

根据对无柄野生灵芝病菌菌丝体确定转录组测序共得以67230个转录本和14296个单人类人类人类基因。在以下单人类人类人类基因中，49俩被司法鉴定为差距展示人类人类人类基因（DEGs），在这当中213个展示上浮，279个展示下跌（图1A）。GO菌物聚集分享后，DEGs分菌物方式（BP）、生殖体细胞含量（CC）和分子式功能模块（MF）3类。在BP行业类目中，出現了前二个子行业类目：四环素工业制硝酸分泌方式，乙酸盐分泌方式和甲酸盐分泌方式;而在CC行业类目中，生殖体细胞外区、突触挽回体、突触组成是前二个亚类。对于那些MF行业类目，甲酸脱氢酶（NAD）特异性、空气氧化保存酶特异性和酸氨（或酰胺）衔接酶特异性是前二个亚行业类目（图1B）。在DEGs的KEGG环路分享中，前30条菌物聚集度比较高的环路中含27条应属分泌，在这当中丁烷分泌、乙醛酸盐和二羧酸盐分泌、丙酸盐分泌表现环路相关性菌物聚集（图1D）。

图1|转录成分析和功能键分类管理

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

能够对无柄野生灵芝白色念珠菌菌丝体使用淀粉酶酶质组学深入了解，共分敲定了16,457种特别肽、2606种淀粉酶酶质和2588种按量淀粉酶酶质。在域值|FC|>1.2和p<0.05的建立环境下，没有你2606种淀粉酶酶质中，94种被监定为区别表达出来方法淀粉酶酶（DEPs），在在这当中52种上浮，42种调低（图2A），图2C展现了区别表达出来方法淀粉酶酶的聚类了解法深入了解热图。从GO深入了解看看，BP行业类型展现，大部分数DEPs参与进来醋酸钠盐新陈消化吸收率的历程、抗菌药转换新陈消化吸收率的历程和类药转换新陈消化吸收率的历程。CC类DEPs在癌上皮肿瘤细胞系外区、过脱色物酶体和微体中总额最多，脱色展现酶灵可溶性和甲酸脱氢酶（NAD）灵可溶性在MF类中DEPs的标准最多（图2B）。与转录组最后类同，KEGG径路深入了解展现，不少DEPs在新陈消化吸收率中含有，在在这当中3条最含有的行业是光合生态学中的碳采取固定、碳新陈消化吸收率和MAPK数字信号径路（图2D）。还有就是，能够深入了解GO数据文件库的CC对DEPs使用亚癌上皮肿瘤细胞系精确定位深入了解和注脚（图2E），DEPs重点分布图制作在癌上皮肿瘤细胞系质（40.66%）、癌上皮肿瘤细胞系膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），学说上是GAs生态学合成图片的重点部位。

图2|蛋白酶质组的酶联免疫法剖析和职能校验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

为业物被转化和比较组侯选DEGs和DEPs建设了维恩图，有20个文化差异展现表观遗传（图3A）。对转录组和淀粉酶酶质组中E组和C组分为的DEGs/DEPs完成聚类定性分析一下法定性分析一下，感觉mRNA和淀粉酶酶质之前有19个上浮表观遗传和9个再降表观遗传，DEGs两者译员的DEPs展现的水平呈正相应的，对于Pearson的相应的弹性系数定性分析一下，在转录组和淀粉酶酶质组之前查重到相较较高的相应的性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）测试成果体现，E组和C组19个DEGs的把你想表达出来出来技术水平文化差异重要，至少9个为上浮DEGs，6个为变动DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的把你想表达出来出来变化趋势与转录酚类化合物析成果相符。

图3|核氨基酸组的酶联免疫法进行分析和能力查证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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